Výklad tohto pojmu nachádzame v náleze pléna Ústavného súdu Českej repuliky PL. ÚS 42/02 (dostupné na nalus.usoud.cz):
a) Svoboda svědomí má konstitutivní význam pro demokratický právní stát respektující liberální myšlenku přednosti odpovědné důstojné lidské bytosti před státem - tj. myšlenku úcty (respektu a ochrany) státu k právům člověka a občana [čl. 1 odst. 1 Ústavy České republiky (dále jen "Ústava")]. Naopak je příznačné pro totalitní politické režimy, že nerespektují autonomii svědomí jednotlivce, když se pokoušejí i za pomoci represivní trestní politiky potlačovat svobodu svědomí jednotlivce, a tak jej nutí k přijetí vůle vládnoucích, která si činí nárok na jediné možné dobré rozhodnutí a v tomto smyslu jediné etické rozhodnutí.
Tento trend lze sledovat i v československé, resp. české ústavní rovině. Tak ústavní listina č. 121/1920 Sb., stejně jako současná Listina, nepředpokládala možnost zákonného omezení svobody svědomí, kterou výslovně obsahovala. Tzv. Ústava 9. května č. 150/1948 Sb. sice v § 15 svobodu svědomí deklarovala, avšak zároveň ji negovala tím, že stanovila, že svoboda svědomí nemůže být důvodem k odepření splnění občanské povinnosti, kterou stanovil obyčejný zákon. Ústava Československé socialistické republiky č. 100/1960 Sb. již svobodu svědomí vůbec nezmiňuje.
Svoboda svědomí se projevuje v rozhodnutích jednotlivce učiněných v určitých konkrétních situacích, tedy "tady a teď", pociťovaných jako hluboce prožitá povinnost. Nejde tedy o postoj jednotlivce k abstraktním problémům platný jednou provždy a ve všech situacích. V rozhodnutí diktovaném svědomím jde o splynutí pro jednotlivce závazné mravní normy s jím vyhodnocenou situací. Jde tedy o integraci poznané normy s posouzením skutkového stavu. Rozhodnutí diktované svědomím spočívá na existenci svědomí samotného, nikoliv na specifických náboženských či ideologických představách. Strukturálním znakem svědomí je kromě souvztažnosti k normě a zároveň k situaci i osobní prožitek bezpodmínečné povinnosti.
Z uvedeného vyplývá, že svobodu svědomí nelze zaměňovat se svobodou víry ani se svobodou náboženskou. Na rozdíl od těchto svobod je rozhodnutí diktované svědomím vždy konkrétní, neboť jeho předmětem je konkrétní chování v konkrétní situaci. Abstraktní, obecné nebo absolutní mohou být jen důvody nebo maximy, které spoluvytvářejí normu, již svědomí v daný okamžik akceptuje. Rozhodnutí diktované svědomím v nich může nalézt normativní odůvodnění, které se uplatní při řešení konfliktu mezi takovým principem či maximou a právní normou zavazující k opaku. Situace je ovšem vždy individualizována časem, místem a konkrétními okolnostmi. Podstatné je, že jde o vážné, mravní, na kategorie dobro a zlo orientované rozhodnutí [srovnej např. rozhodnutí Ústavního soudu SRN in BVerfGE 12, 45 (55)], které jednotlivec prožívá jako závaznou povinnost či jako bezpodmínečný příkaz k určitému chování.
Ve specifickém mravním charakteru a v jeho vztahu k osobní morální pravdivosti či opravdovosti, která rozhodnutí propůjčuje bezpodmínečnost, spočívá rozlišení mezi rozhodnutím učiněným toliko poukazem na motivaci politickou či ideologickou (jde o externí veličiny nepromítnuté do vnitřní morální roviny) nebo na psychický stav (který existuje bez nutnosti činit morální soud).
b) Svoboda svědomí patří k tzv. základním právům absolutním, tj. k takovým, která nelze omezit obyčejným zákonem, jehož účelem by bylo omezit takové absolutní základní právo, v tomto případě svobodu svědomí. Každý zákon z jedné strany vyjadřuje veřejný zájem a z druhé strany formuluje i mravní přesvědčení parlamentní většiny, díky níž byl přijat, a tímto způsobem formuluje mravní přesvědčení většiny společnosti, jejímž odrazem je složení parlamentu. Je-li individuální svědomí v rozporu s určitou právní normou, zajisté taková skutečnost nemůže mít za následek nezávaznost takové právní normy, byť i jen ve vztahu k osobě, jíž svědomí velí konkrétní právní normu nerespektovat. Svoboda svědomí však může mít vliv na uplatnitelnost či vynutitelnost takové právní normy ve vztahu k těm, jejichž svědomí se příčí. Při zvažování, zda se v případě takového konfliktu právní normy s konkrétně uplatňovanou svobodou svědomí má prosadit posléze jmenovaná svoboda svědomí, je třeba zvážit, zda by takové rozhodnutí nezasáhlo do základních práv třetích osob anebo zda prosazení svobody svědomí nebrání jiné hodnoty či principy obsažené v ústavním pořádku České republiky jako celku (ústavně imanentní omezení základních práv a svobod).